TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较北大核心CSCD

目的:探索4种消化系统癌症(DSCs)分子特征的异同及分子特征同临床基本特征的关系。方法:基于生物信息学方法从TCGA数据库中获取食管癌(ESCA)、胃癌(STAD)、直肠癌(READ)、结肠癌(COAD)4种DSCs的分子特征,包括基因突变、拷贝数变异、基因表达以及甲基化,结合MIF算法、差异分析筛选出癌症驱动基因、差异甲基化基因(DMGs)以及差异表达基因(DEGs),并利用富集分析、生存分析、相关性分析比较4种癌症类型中分子特征的异同,进一步探索分子特征同临床基本特征的关系。结果:4种癌症类型具有相似的分子特征,包括:突变频率与基因表达、甲基化水平相关性很低,线性关系均不明显;MaxMIF软件获得的30个癌症驱动基因中均仅有少数几个基因具有预后效果,包括ESCA 2个、STAD 2个、READ 1个、COAD 1个;拷贝数变化数据在癌症组织样本和正常组织样本中的分布并不均匀;DEGs中仅有少部分基因具有预后效果,包括食管癌(29/829)、胃癌(0/394)、直肠癌(71/606)、结肠癌(50/591),并且KEGG通路均富集于“神经活性的配体-受体相互作用”。另外,4种癌症类型之间具有不同的癌症驱动基因、具有预后效果的DEGs,以及DMGs。结论:经分析得到4种DSCs分子特征的异同点有助于了解整个DSCs,并有望为深入理解DSCs的分子特征及相应的分子靶向治疗方案的设计提供有效的依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨补肾活血方治疗尿酸性肾病的作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨补肾活血方治疗尿酸性肾病（uric acid nephropathy， UAN）的分子作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP筛选出补肾活血方的有效活性成分。通过PubChem、DrugBank、SymMap和SwissTargetPrediction数据库筛选出中药各成分作用靶点。借助GeneCards、DisGenet、malaCards和OMIN数据库获取尿酸性肾病的靶点基因。David绘图工具筛选出中药与疾病的交集靶点，利用Cytoscape3.9.0软件构建“中药-活性成分-疾病-靶点”网络关系图，并通过CytoNCA插件构建蛋白质相互作用网络（PPI），筛选得到核心靶点蛋白。采用AutoDock Vina 1.1.2软件将补肾活血方关键有效成分和核心靶点进行分子对接。最后运用乙胺丁醇和腺嘌呤诱导的尿酸性肾病模型对网络药理学预测的结果进行基础实验验证。结果 本研究共筛选得到补肾活血方治疗UAN的作用靶点234个，其中核心靶点19个，对应5种中药的113种有效成分。GO富集分析共得到925条基因功能信息，KEGG富集分析发现112条信号通路，涉及Toll样受体、NF-κB、PI3K-Akt、p53、TNF等信号通路治疗尿酸性肾病。分子对接结果显示，双脱甲氧基姜黄素、异黄酮等关键活性成分与ALB、MMP9、TLR4等关键核心靶点有较好的结合活性。动物实验结果显示，与模型组相比，补肾活血方组、非布司他组大鼠肾组织TLR4和NF-κB蛋白表达量和血清MMP-9水平明显降低（P<0.05）；血清ALB水平明升高（P<0.05）。结论 本研究提示，补肾活血方中关键活性成分可能通过抑制TLR4/NF-κB信号通路降低TLR4、NF-κB和MMP-9水平，减轻炎症反应，进而减少ALB漏出，发挥保护肾脏治疗尿酸性肾病的作用。     

HBV-ACLF患者血清miR-122和 HMGB1水平及其与病情、预后的关系

[摘要]　目的　探究HBV相关慢加急性肝衰竭（HBV-related acute-on-chronic liver failure, HBV-ACLF）患者血清中微小核糖核酸（microRNA, miR）-122和高迁移率族蛋白1（high-mobility group box-B1, HMGB1）水平及其与病情、预后的关系。方法　回顾性分析2016年1月—2018年1月我院收治的120例HBV-ACLF患者的一般及临床资料。根据临床结局，将患者分为存活组（53例）和死亡组（67例）。比较2组患者的一般资料、实验室检查指标及血清miR-122、HMGB1水平。多因素Logistic回归分析影响患者预后的因素。Pearson检验分析miR-122、HMGB1水平分别与TBIL、PA、终末期肝病评分模型（the model of end-stage liver disease score, MELD）评分的相关性。ROC曲线分析miR-122和HMGB1水平对患者的死亡预测价值，获得最佳临界值。根据临界值将患者分为A组、B组和C组，用Kaplan-Meier法绘制生存曲线，比较3组患者在3年随访期间的生存率。结果　存活组和死亡组患者的年龄、身体质量指数、并发症、病情分期、MELD评分、ALB、球蛋白、TBIL、ALT、AST、LDH、PT、PTA、HBV DNA、miR-122、HMGB1相比，差异均具有统计学意义（P均＜0.05）。年龄、并发症、病情分期、MELD评分、TBIL、PT、PTA、miR-122、HMGB1均是影响患者预后的危险因素（P均＜0.05）。miR-122、HMGB1水平分别与TBIL、MELD评分呈显著正相关，与PTA呈显著负相关（P均＜0.05）。miR-122和HMGB1预测患者死亡的最佳临界值分别为31.42和14.56 μg/L。A组患者预后3年内生存率显著高于B组和C组（P均＜0.05）。结论　miR-122和HMGB1水平与HBV-ACLF患者的病情和死亡预后密切相关，可间接反映患者的病情严重程度，在HBV-ACLF的诊断及预后中具有重要价值。